1、适用范围不同；2、会计核算的基础不同；3、会计要素构成不同；4、会计等式不同。预算会计是以整个国家预算执行为中心来组织核算，企业财务会计是以某一企业为主体。预算会计分为资产、负债、净资产、收入和支出五大类，企业会计分为资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润六大类。

1、适用范围不同
企业财务会计是以某一企业为主体，核算内容只能是本企业所发生的经济活动，一切与本企业经济活动相联系的、应归属于对方的核算内容，则不应该在本企业进行核算，这也是企业会计主体内在的质的规定；而预算会计是以整个国家预算执行为中心来组织核算，它既要核算各个非物质生产部门的预算收支情况，也要核算物质生产部门的经济效益和利税上缴情况。
2、会计核算的基础不同
预算会计中，财政总预算会计和行政单位会计以收付实现制为会计核算基础；企业会计均以权责发生制为会计核算基础。
3、会计要素构成不同
预算会计要素分为资产、负债、净资产、收入和支出五大类。企业会计要素分为资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润六大类。
4、会计等式不同
预算会计的恒等式为：资产+支出=负债+净资产+收入。企业会计的恒等式为：资产=负债+所有者权益。
总结：
首先，预算会计是以整个国家预算执行为中心来组织核算，企业财务会计是以某一企业为主体。其次，预算会计中以收付实现制为会计核算基础，企业会计均以权责发生制为会计核算基础。最后，预算会计分为资产、负债、净资产、收入和支出五大类，企业会计分为资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润六大类。