一、分工不同；二、职责不同；三、负责工作级别不同。市委组织部是各级市委主管组织、干部工作的职能部门。其主要任务是：坚决贯彻执行党的组织路线和各项方针政策，围绕党在新时期的总路线，抓好组织工作的各项改革。

一、分工不同
1、干部一科：一科是分工管理县直机关干部的。
2、干部二科：二科是分工管理乡镇机关干部的。
二、职责不同
1、干部一科：组织指导干部人事制度改革；负责市直单位科级干部职务任免的组织考察、审核，并办理相关手续。
2、干部二科：负责提交市委常委会干部任免议题，审核办理相关手续；调研、了解市管领导班子运行及干部政策的执行情况。
三、负责工作级别不同
1、干部一科：通常是负责全市县处级工作任务。
2、干部二科：通常是负责县处级工作任务。