不会作废。二级建造师资格证书是通过考试取得的，不注册也不会作废，只是不能以二级建造师名义执业，二级建造师实行的是注册执业管理制度，取得资格证书的人员要注册才能执业。

二级建造师证书初始注册时间为资格证书核发之日起三年以内，三年之后初始注册需要符合继续教育条件。
二级建造师资格证书初始注册材料：
（一）注册建造师初始注册申请表；
（二）资格证书、学历证书和身份证明复印件；
（三）申请人与聘用单位签订的聘用劳动合同复印件或其他有效证明文件；
（四）逾期申请初始注册的，应当提供达到继续教育要求的证明材料。
延续注册材料：
（一）注册建造师延续注册申请表；
（二）原注册证书；
（三）申请人与聘用单位签订的聘用劳动合同复印件或其他有效证明文件；
（四）申请人注册有效期内达到继续教育要求的证明材料。