芽孢（endospore）又称内生孢子，是细菌休眠体。常见的产芽孢细菌主要为芽孢杆菌属（Bacillus)、 梭状芽孢杆菌属 ( Clostridium) 、芽孢乳酸菌属（Sporolaetobacilbs）等。

形态：
某些细菌（芽孢杆菌，梭状芽孢杆菌，少数球菌等）在其生长发育后期，在细胞内形成的一个圆形或椭圆形，厚壁，含水量低，抗逆性强的休眠体构造，称为芽孢。
在不同细菌中，芽孢所处的位置不同，有的在中部，有的在偏端，有的在顶端。芽孢呈圆形、椭圆形、圆柱形。在有些细菌中，芽孢的直径小于菌体直径。
芽孢杆菌，为好氧细菌；在另一些细菌中，芽孢的直径大于菌体直径，使整个菌体呈梭形或鼓塑形，这些细菌称为梭状芽孢杆菌，为厌氧菌，梭状芽孢杆菌的芽孢位于菌体中间。破伤风杆菌的芽孢位于菌体的一端，使菌体呈鼓槌状。好氧芽孢杆菌属（Bacillus）和厌氧的梭状芽孢杆菌属（Clostridium）的所有细菌都具有芽孢。在球菌和螺菌中，只有少数种类有芽孢，球菌中只有芽孢八叠菌（Sporosarcina）属产芽孢。